Univerzita nabízí studijní programy na devíti fakultách: na fakultě aplikovaných věd, designu a umění Ladislava Sutnara, ekonomické, elektrotechnické, filozofické, pedagogické, právnické, strojní a zdravotnických studií. Součástí ZČU je rovněž Ústav jazykové přípravy a výzkumný ústav NTC.